Po pierwszym i drugim rozbiorze Polski, Pomorze i Ziemia Chełmińska weszły w skład państwa Pruskiego. Nastąpił okres wielkiej kolonizacji i germanizacji tych ziem, szczególnie w miastach i większych majątkach. Duchowni polscy zostali pozbawieni majątków, szlachcie odebrano prawo piastowania urzędów i starostw, które odtąd były obsadzane przez Niemców. Na chłopów zaczęto nakładać wysokie podatki, by ich zmusić do pozbywania się gospodarstw na rzecz kolonizatorów niemieckich. Doprowadziło to do tego, że 80% własności znalazło się w rękach niemieckich. Wiek XIX był najgroźniejszy pod względem kolonizacji dla ludności polskiej pod zaborem pruskim.
Na tych ziemiach Niemcy i koloniści holenderscy wyznania ewangelickiego otrzymali uprawnienia do budowania domów modlitwy i szkół. Do końca XVIII wieku takie pomieszczenia znajdowały się prawie we wszystkich wsiach. Nauczyciele mieli uprawnienia do prowadzenia modlitw, natomiast duchowni w wyznaczonych terminach udzielali sakramentów. Fryderyk II wydał rozporządzenie, na mocy którego rolnicy i rzemieślnicy wyznania podlegali konsystorzowi w Królewcu i rządowi w Malborku. Obok domów modlitw, zwykle budowanych z drewna, rozpoczęto wznosić murowane kościoły ewangelickie. W 1784 roku zbudowano kościół ewangelicki w Golubiu, a w roku 1836 w Wąbrzeźnie. Dalsze w 1859 roku w Kowalewie, w 1869 w Książkach, w 1898 w Ryńsku, w 1899 w Wieldządzu, 1901 w Dębowej Łące. Wymienione gminy podlegały diecezjom w Brodnicy, Chełmnie i Toruniu. Radca powiatowy w Wąbrzeźnie utworzył okręg, który od dnia 1 kwietnia 1897 roku podlegał superintendenturze sprawującej nadzór nad kościołami ewangelickimi i duchowieństwem. W wymienionych diecezjach utworzono siedem parafii: w Wąbrzeźnie, Dębowej Łące, Golubiu, Książkach, Ryńsku, Kowalewie i Wieldządzu. W Wąbrzeźnie pod koniec XVIII wieku nauczyciel Klize otrzymał polecenie odbywania modlitw z wiernymi, a ksiądz Schmidt z Radzynia udzielał sakramentów. Dzieci ewangelickie były chrzczone, przyjmowane do Pierwszej Komunii Św. i bierzmowane w Kościele katolickim w Radzyniu. Zmarłych chowano na cmentarzach katolickich. W celu uregulowania spraw wyznaniowych burmistrz miasta Wąbrzeźna Schirmacher zwrócił się z prośbą do wyznawców ewangelickich zamieszkujących miasto i okoliczne wsie na dobrowolne datki na budowę masywnego murowanego kościoła. Król Fryderyk Wilhelm III podarował na ten cel 2700 marek w złocie i zbudowano gmach bez renesansowej wzorowanej na tym stylu wieży.
Kościół zbudowano przy rynku w miejscu podarowanym przez miasto. W tym czasie było w mieście i okolicy 1200 wyznawców ewangelickich. Do 1854 roku nabożeństwa odprawiali rektorzy szkół ewangelickich posiadający uprawnienia teologiczne. Nabożeństwa niedzielne w Wąbrzeźnie odprawiał ks. rektor z Radzynia. Na podstawie dokumentu wydanego 20 listopada 1852 roku do probostwa ewangelickiego w Wąbrzeźnie należały następujące miejscowości: Niedźwiedź, Cymbark, Frydrychowo, Wielkie Radowiska, Jaworze, Józefat, Małe Radowiska, Łabędź, Michałki, Myśliwiec, Stanisławki, Trzciano, za Radowiska oraz majątki: Bielewo, Bartoszewice, Cholewice, Czaple, Dębowa Łąka, Uciąż, Korowo, Wronie, Makswałd, Nielub, Orłowo, Płużnica, Ryńsk, Rozgart, Sitno, Wałycz, Wymyślanka, Zaskocz, Ostrów.
Dnia 15 sierpnia 1854 roku jako pierwszy proboszcz objął parafię ewangelicką w Wąbrzeźnie ksiądz Wekwerth. Dzięki jego staraniom przystąpiono w 1862 roku do budowy wieży kościelnej. Koszt budowy wyniósł 5000 marek w złocie. Część pokryły składki wiernych oraz darowizna ofiarowana przez Gustawa Adolfa Bereina. Kupił on również za 900 marek w złocie trzy dzwony, które umieszczono na wieży. W 1862 roku wykupiono za 2300 marek w złocie starą plebanię. Proboszcz otrzymał dwa piętra jako mieszkanie służbowe. Pierwszy proboszcz parafii Wąbrzeźno zmarł 19 sierpnia 1884. Nowym proboszczem został od 28 stycznia 1885 roku ksiądz Doliwa. W tym czasie zaczęli przybywać nowi wyznawcy ewangeliccy co sprawiło, że pomieszczenie kościelne stało się niewystarczające. Zaistniała konieczność rozbudowy kościoła. Na zapleczu (od strony północo-wschodniej) znajdował się budynek, w którym mieściło się więzienie i mieszkanie komendanta policji. Dnia 26 stycznia 1891 roku za 8000 marek dom ten wykupiono od miasta. Zaistniała sytuacja finansowa spowodowała to, że sprzedano dotychczasową plebanię kupcowi Bisckoffowi. Gmina kościelna otrzymała dwa gospodarstwa rolne przy ulicy Kowalewskiej (obecnie wolności) za sumę 7200 marek. Przy tej ulicy również zbudowano nowy dom parafialny. Nowa plebania została postawiona na podstawie planu radcy budowy miast w Toruniu Schmidta w latach 1893-1894. W roku 1899 według planu rządowego mistrza Bode z Torunia przystąpiono do dalszej rozbudowy kościoła. Powiększono liczbę miejsc siedzących z 600 do 800. Kościół otrzymał nowe okna witrażowe. Trzy okna w prezbiterium z wyobrażeniem Chrystusa, Piotra i Pawła. Równocześnie zainstalowano nowe organy na chórze, za które zapłacono 500 marek. Ogólny koszt rozbudowy kościoła wyniósł 29000 marek. Dnia 9 lutego 1898 roku ks. Doliwa otrzymał nominację na stanowisko superintendenta. 1 stycznia 1897 roku powołano nową diecezję, która liczyła 19 800 dusz. Królewski konsystorz 15 maja 1899 roku utworzył pomoc dla głoszących kazania. Ewangelicka parafia wąbrzeska obejmowała miasto Wąbrzeźno oraz 26 innych okolicznych miejscowości i osiem szkół.
