Po zakończeniu I wojny światowej na podstawie traktatu wersalskiego z dnia 28 czerwca 1919 roku Polska odzyskała niepodległość. Niemcy jako mniejszość narodowa korzystali z praw przysługującym im w państwie polskim. W związku z tym kościół ewangelicki w Wąbrzeźnie nadal spełniał swoje funkcje wobec wiernych. Tak samo było podczas najazdu Niemiec faszystowskich w latach 1939-1945. Po klęsce Niemiec w 1945 roku w Polsce Ludowej (Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej) dawny kościół ewangelicki został włączony do parafii katolickiej i spełniał funkcje kościoła szkolnego.
Z uwagi na szczególne okoliczności i potrzeby duszpasterskie J.E Ksiądz Biskup Marian Przykucki, Biskup Chełmiński, ustanowił z dniem 1 lipca 1986 roku przy kościele filialnym Ośrodek Duszpasterski pw. Matki Bożej Królowej Polski w Wąbrzeźnie, obejmujący dzielnice wydzielone z części parafii śś. Apostołów Szymona i Judy Tadeusza. W ciągu dotychczasowego istnienia nowy ośrodek wykazał znaczne osiągnięcia duszpasterskie z pożytkiem dla wiernych Wąbrzeźna. Po nabyciu bardzo potrzebnego obiektu przy Placu Zwycięstwa 22, z przeznaczeniem na plebanię i pomieszczenia katechetyczne, zaistniały warunki dla ustanowienia nowej parafii, którą erygował Biskup Chełmiński Marian Przykucki 10 maja 1987.